На основании норм статей 171 и 172 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) суммы налога на добавленную стоимость, предъявленные налогоплательщику, принимаются к вычету в общеустановленном порядке в случае использования приобретенных товаров (работ, услуг) для операций по реализации товаров (работ, услуг), подлежащих налогообложению налогом на добавленную стоимость, в том числе в случае если реализуемые товары (работы, услуги) оплачиваются за счет субсидий, выделяемых из федерального бюджета.
В то же время необходимо иметь в виду, что в соответствии с подпунктом 6 пункта 3 статьи 170 Кодекса в случае если субсидии из федерального бюджета выделяются на возмещение затрат, связанных с оплатой приобретенных товаров (работ, услуг), с учетом налога на добавленную стоимость, а также на возмещение затрат по уплате этого налога при ввозе товаров на территорию Российской Федерации суммы налога, принятые к вычету налогоплательщиком по товарам (работам, услугам), в том числе по основным средствам и нематериальным активам, имущественным правам в порядке, предусмотренном Кодексом, подлежат восстановлению.
Согласно пункту 2 Правил предоставления и распределения субсидий из федерального бюджета бюджетам субъектов Российской Федерации на оказание несвязанной поддержки сельскохозяйственным товаропроизводителям в области растениеводства, утвержденных постановлением Правительства Российской Федерации от 27 декабря 2012 г. № 1431, субсидии предоставляются на софинансирование расходных обязательств субъектов Российской Федерации, связанных с реализацией региональных и (или) муниципальных программ, предусматривающих поддержку сельскохозяйственных товаропроизводителей в области растениеводства, осуществляемую в форме предоставления средств из бюджетов субъектов Российской Федерации (местных бюджетов) сельскохозяйственным товаропроизводителям, за исключением граждан, ведущих личное подсобное хозяйство, на возмещение части затрат на проведение комплекса агротехнологических работ, повышение уровня экологической безопасности сельскохозяйственного производства, повышение плодородия и качества почв в расчете на 1 гектар посевной площади сельскохозяйственных культур.
Таким образом, в случае оплаты работ (услуг), выполняемых (оказываемых) сельхозтоваропроизводителями, за счет субсидий из федерального бюджета, предоставленных в рамках вышеуказанного постановления Правительства Российской Федерации, налог на добавленную стоимость по товарам (работам, услугам), приобретенным для использования в производстве и (или) реализации облагаемых налогом на добавленную стоимость работ (услуг), реализуемых сельхозтоваропроизводителями, восстановлению не подлежит.
Что касается предоставления указанных субсидий на оплату приобретаемых товаров (работ, услуг), то в этом случае налог подлежит восстановлению в порядке, установленном вышеуказанным подпунктом 6 пункта 3 статьи 170 Кодекса.