Налогоплательщик купил муниципальное имущество (здание), уплатил НДС как налоговый агент, а затем отразил эту сумму в налоговых вычетах (абз. 2 п. 3 ст. 161, п. 3 ст. 171 НК РФ). В последующем он перешел на упрощенную систему налогообложения.
При переходе на этот специальный налоговый режим следует восстановить ранее принятый к вычету НДС по объектам основных средств пропорционально их остаточной стоимости. Исключение - случаи, когда приобретенный объект основных средств полностью самортизирован или с момента его ввода у налогоплательщика прошло не менее 15 лет (п. 3 ст. 171.1 НК РФ).
Налогоплательщик не восстановил НДС по купленному зданию. Налоговый орган посчитал, что налогоплательщик нарушил положения п. 3 ст. 170, п. 3 ст. 171.1 НК РФ. Инспекция доначислила ему ранее принятые к налоговому вычету суммы НДС по зданию исходя из его первоначальной стоимости, поскольку она с момента приобретения налогоплательщиком здания не изменялась, амортизация не начислялась.
Налогоплательщик с позицией инспекции не согласился и обжаловал решение. По его мнению, в НК РФ прямо не предусмотрена обязанность для налоговых агентов восстанавливать сумму НДС при переходе на УСН.
В дополнение он ссылался на то, что приобретенное им муниципальное здание построено и впервые введено в эксплуатацию более 45 лет, что также исключает необходимость восстанавливать НДС.
При рассмотрении жалобы ФНС России отметила, что в НК РФ нет отличий в порядке применения вычетов в зависимости от получателя налога – продавца или бюджета Российской Федерации (при уплате НДС налоговым агентом). Право на вычеты по НДС имеют налогоплательщики, если ранее налог ими исчислен и уплачен, а имущество приобретено для налогооблагаемой НДС деятельности. Так как при переходе на УСН имущество используется в деятельности, не облагаемой НДС, то в этом случае налог должен быть восстановлен в налоговом периоде, предшествующем переходу на данный режим.
ФНС России пришла к выводу, что оснований для невосстановления сумм НДС, установленных п. 3 ст. 171.1 НК РФ нет, поскольку здание не самортизировано, и у налогоплательщика не прошло 15 лет с момента ввода его в эксплуатацию.
Подробнее об обстоятельствах спора можно узнать в статье Е.И. Масленниковой «О порядке восстановления налогоплательщиком сумм НДС, ранее принятых к вычету в результате приобретения объекта недвижимого имущества, в связи с переходом УСН», журнал «Налоговая политика и практика», декабрь 2018.